Kudüs’de mekanat-ı mukaddesenin (Kutsal yerlerin) bulunduğu alana Harem-i Şerif denir ki takriben 150 dönümlük bir sahayı kaplar. Burada birçok kutsal ve değerli mekanlar vardır. Müslümanlar açısından Mescid-i Aksa ve Kubbet-üs Sahra’nın konumu hepsinden farklı ve faiktir. Şimdi bu iki mescidi yerimiz nispetinde anlatmaya çalışalım. 1)- Mescidi –Aksa Arapçada Mekke‘ye olan uzaklığından dolayı "en uzak cami" anlamına gelen Mescid-i Aksa, pek çok peygamberin gelip geçtiği bir kısmının da içerisinde medfun bulunduğu,  kutsal bir mekandır. Hicret'in ikinci yılında kıblenin Kabe'ye çevrilmesine kadar Müslümanlar namazlarını Mescid-i Aksaya doğru kılıyorlardı.. Mescid-i Aksa, Kudüs'ün doğusundaki eski şehir bölgesinde yer alıp surlarla çevrili güney doğu köşesinin en uzak noktasına kadar uzanan alanın tamamını içine alır. Mescid-i Aksa "Morya Tepesi" adı verilen küçük bir tepe üzerine inşa edilmiş olup Kubbet-üs-Sahra'nın, üzerine kurulduğu kaya bu tepenin en yüksek noktasıdır. Mescidi Aksa'yı ilk inşa eden Hz. Süleyman (a.s.)'dır. Kur'an-ı Kerim'in Sebe suresinin 14. ayeti kerimesinin tefsiriyle ilgili olarak verilen bilgiler de buna delalet etmektedir: "Süleyman'ın ölümüne hükmettiğimizde, onun ölümünü, bastonunu yiyen ağaç kurdundan başka onlara gösteren olmadı. Böylece o, yere yıkılınca, anlaşıldı ki cinler eğer gaybı biliyor olsalardı aşağılayıcı azabın içinde kalmazlardı." Bu ayetin tefsirinde şu bilgiler verilir: Süleyman (a.s.) Mescidi Aksa'nın inşasında cinlerden de yararlandı. Bu inşaat işinde insanların yapmaya güç yetiremeyecekleri zor işleri cinler yapıyorlardı. Ancak Süleyman (a.s.) bir gün mihrabında asasına dayanmış halde ibadet ederken öldü. Cinler onun ibadet ettiğini sanarak işlerini yapmaya devam ettiler..
Mescidi Aksa'nın İslam'daki müstesna yerinin bir sebebi de Resulullah (S.A.V.)'in isra ve miraç mekanı olmasıdır. Nitekim ilgili ayette şöyle buyrulur: "Kulunu, kendisine birtakım ayetlerimizi göstermek için bir gece Mescidi Haram'dan çevresini mübarek kıldığımız Mescidi Aksa'ya yürütenin şanı pek yücedir. Şüphesiz o duyandır, görendir." (İsra,1) Burada mübarek (bereketli) kılınan, Mescidi Aksa'nın çevresi ki başta Kudüs sonra diğer Filistin topraklarıdır. Peygamberimiz Mescid-i Aksa hakkında: " (Ziyaret veibadet için)Yolculuk ancak şu üç Mescid'den birine olur: Mescid-i Haram'a (Ka’beye), Benim şu mescidime (Mescid-i Nebevî) ve Mescid-i Aksa'ya." Buyurur. Bu hadisi şerife binaen Mescid-i Aksa, Mescid-i Nebevî ve Kâbe ile birlikte üç harem bölgesinden biri olarak kabul edildiği için "Harem-i Şerîf" adını da alır.
Resulullah (s.a.s.)'ın miraca yükseltildiği sırada Kudüs'te bugünkü şekliyle bir cami yoktu. Ancak Hz. Süleyman (a.s.) tarafından inşa edilmiş ve daha sonra yıkıma maruz kalıp yenilenmiş olan Mescidi Aksa'nın kalıntıları vardı ve burası Beyti Makdis olarak adlandırılırdı. Resulullah (s.a.s.)'ın namaz kıldığı mekan da işte burasıydı.  Burası Yahudilerin "Ağlama Duvarı", Müslümanların"Burak Duvarı" olarak adlandırdıkları eski mabedin bir kalıntısıdır. M.S. 638 yılında Hz. Ömer (r.a.) döneminde Kudüs fethedildikten sonra Beyti Makdis'in yerinde Mescidi Aksa inşa edildi. Mescidi Aksa daha sonra Emevi halifelerinden Abdülmelik bin Mervan zamanında genişletildi. Ancak Mescid-i Aksa El-Cedid'i (şu andaki Mescidi aksayı) inşa eden Selahaddin-i Eyyubidir. Yapıldığı kot farkından dolayı Hz. Süleyman mabedinin üstünde kalıyor. Yani Mescid-i Aksa El-Cedid, Hz. Süleyman mabedinin harabesi üzerine yükselmiştir. İsrail, bu mescidi yıkarak eski mabedin ortaya çıkarılmasını istiyor.
2)- Kubbet’üs -Sahra Mescidi Aksa'nın hemen yakınında bulunan sekiz köşeli bu mabet, EmeviHalifesi Abdülmelik bin Mervan tarafından inşa edilmiştir. Bir dönem Kubbet-üs Sahra'yı ele geçiren Haçlılar, kiliseye çevirmişlerdir. Selahaddin Eyyubi, 1187’de (88 yıl aradan sonra) Kudüs'ü -II. kez- fethettikten sonra burayı kiliselikten çıkarıp cami olarak açmıştır. Bugünkü görünümüne ise Osmanlı padişahları tarafından -birçok kez- yapılan tamirat ve tadilatlarla kavuşturulmuştur. Yüzündeki çiniler Osmanlı ürünüdür. Mescid'i Aksa ile karşılıklı olarak aynı avlu içinde yer alırlar. Kubbet-üs Sahra çok görkemli bir kubbeye sahip olduğundan genellikle Mescidi Aksa sanılır. Kubbesi,Ürdün kralı Hüseyin tarafından altınla kaplatılan Kubbet-üs Sahra Kudüs'ün her yerinden görülür. Kubbetüssahra, Müslümanların Hıristiyan mimarisi karşısında kendi mimarisinin varlığını hissettiren önemli bir eserdir. Caminin doğu cephesinde bire bir aynısı olan maketi yer almaktadır. Burayı yapan mimar, projesini çizdikten sonra nasıl duracağını görmek için önce maketini yapmış, maketin hoş durması üzerine projeyi uygulamıştır." Kubbetüs-sahra (diğer adı Ömer Camii) taşın etrafında konuşlandırıldığından ilginç bir mimariye sahiptir. Sekizgen olan camiinin dört yöndeki duvarlarında dört ayrı kapı bulunmakta. Bu kapılardan birisi güneye bakmaktadır ki, imamın namaz kıldırdığı mihrap ta bu kapının önünde yer almaktadır. Kıble yönünden de içeriye girilebilen dünyadaki tek cami Kubbetüs-Sahra’dır.  Kubbe, mevsimleri belirten 4 ana sütun ile ayları simgeleyen 12 sütun üzerine oturtulmuştur ve üzeri altın varak ile kaplanmıştır. İçeriden ahşap süslemeleri ve rengârenk mozaikleri dış cephesindeki çini süslemeleri ile bu yapı Kudüs’ün İslami yüzünü gösteren muhteşem bir sanat harikasıdır.Caminin dışında yer alan çini süslemeleri Kanuni Sultan Süleyman devrine aittir. Kubbetüs-Sahra’nın sekizgen dış duvarının üst tarafına Yasin-i Şerif’i yazdıran padişah ise Ulu Hakan II. Abdülhamit Han’dır.. Gerek Osmanlılar gerekse diğer devletlerden Kudüs’e sahip olanlardan her padişah, her paşa veya her Kudüs valisi Harem-i Şerif’in içerisine bir hizmet yapmak istemiştir. Harem, bundan dolayı irili ufaklı onlarca tarihi eseri barındıran doğal bir tarihi müze haline gelmiştir.  Kubbetüs-Sahra’nın güney batısında açık alanda namaz kılmak için bir mihrap bulunuyor. İslam beldelerinde açık havada namaz kılma, yakın zamana kadar devam ede gelen bir peygamber sünnetidir. Peygamberimizin Medine’de kalabalık olan Cuma, Bayram ve istiska namazlarını “musalla” denilen açık alanda kıldırdığı malumdur. İki mescidin arası yaklaşık 200 metre olup Kubbetüs-Sahra biraz daha yüksektedir. Oradan Mescid-i Aksa’ya ulaşmak için dört kemerli revaklardan geçip 20 basamak aşağı inmek gerekir. Mescit’in giriş kapıları kuzeye (Kubbetüs-Sahra’ya ) bakar. İşbuna göre Kubbetüssahra’da namaz kılan birisi kıble olarak hem Mescid-i Aksa hem de Kabe istikametine müteveccih olur.Kubbet'üs Sahra'nın içinde “Havada Asılı Duran Kaya” anlamına “Hacer-i muallak” vardır. Bu kayanın en geniş yeri 18, en dar yeri ise 13.5 metredir. Kubbet-üs Sahra'nın tam ortasında yer alan bu kayanın içine on bir basamak merdivenle inilir. Kayanın iç kısmı yaklaşık 1.5 metre yüksekliğinde 4.5 x 4.5 metre boyutlarında boş bir mekandır. İçeriden tavana bakıldığında havada asılı izlenimi verir, bundan dolayı Hacer-i Muallak olarak anılmaktadır. Altın kubbenin çapı büyüklüğündeki kayanın altında bir oyuk bulunmaktadır. Bu oyuğa merdivenle inilmektedir. Küçük bir mescit görünümündeki oyukta 15-20 kişi namaz kılabilmektedir. Muallak taşa ilişkin rivayet o dur ki: Peygamberimiz miraca yükselirken bu kayaya basar ve kaya onunla birlikte yükselmeye başlar. Dönüp kayaya “Dur!” der ve kaya havada asılı kalır.