Büyük Menderes Havzası içerisinde endüstriyel kirlilik yükü oluşturabilecek başlıca sektörler tekstil, deri ve zeytinyağı üretimidir. Tekstil işletmeleri ağırlıklı olarak Denizli ve Uşak illeri sınırları içerisinde yoğunlaşmaktadır. Deri endüstrisi Uşak ve Aydın İli Karacasu organize sanayi bölgelerinde, zeytinyağı işletmeleri ise genel olarak Aydın ili ve ilçelerinde yoğunlaşmaktadır. Zeytinyağı sektörünün en önemli sorunlarından birisi karasu olarak adlandırılan ve arıtımı geleneksel metotlarla oldukça zor ve pahalı olan atık sulardır. Zeytinyağı endüstrisi büyük miktarlarda karasu oluşmasına neden olur. Zeytin karasuyu yüksek Kimyasal Oksijen İhtiyacı (KOİ) değerleri nedeniyle yüzeysel ve yeraltı suları için ciddi kirlilik riski taşımaktadır. Son yirmi yıl içinde özellikle Aydın ve Denizli illerinde sayısal olarak büyük miktarlara ulaşan Jeotermal sanayi işletmeciliği B.Menderes Havzasında  ciddi oranda endüstriyel kirlilik oluşturur hale geldi.Otuza yakın jeotermal santral, sekizyüze yakın jeotermal kuyu ve yüzlerce kilometreye ulaşan jeotermal borular ile bu sanayi işletmeleri kurulu alanlarda  fiziki kirlilik,çıkardıkları akışkan ve buharlar ile hava,su ve topraklarda kimyasal, biyolojik, termik, radyonükleit kirlilik oluşturmaktadır.  Havzada hızlı bir sanayileşme yaşanmaktadır.B.Menderes Havzası’nda toplam 15 Organize Sanayi Bölgesi (OSB) yer almakta olup bu OSB'lerin 6'da AAT vardır (Aydın'da 3,Denizli'de 2, Uşak'ta 1).AAT olmayan OSB'lerde atık sular foseptikte biriktirilip uzaklaştırılmaktadır. B. Menderes Havzası’nda OSB’ler dışında faaliyet gösteren müstakil sanayi tesislerinin bir kısmı kendi atık su arıtma tesislerini işleterek alıcı ortama deşarj yapmakta, bir kısmı ise bulundukları bölgelerdeki kanalizasyon şebekelerine bağlantı yapmaktadırlar.  2010 yılında Büyük Menderes Havzasında endüstriyel tesislerden kaynaklı kirlilik yükü miktarı 39.855.299 m3/yıldır. Bu kirlilik yükünün R'ni Kimyasal Oksijen İhtiyacı (KOİ),)'nu Askıda Katı Madde (AKM), 'nu Biyolojik Oksijen İhtiyacı (BOİ), %1,6'nı Toplam Azot (TN), %0,2'nı Toplam Fosfor (TP) oluşturmaktadır. B.Menderes Havzası genelinde inorganik kirliliği temsil eden TN yükünün 'i, TP yükünün ,3'ü endüstriyel kaynaklı kirleticilerden meydana gelmektedir. Organik kirliliği temsil eden Kimyasal Oksijen İhtiyacı (KOİ) yükünün Q.1'i  endüstriyel kirletici kaynaklardan meydana gelmektedir. B.Menderes Havzasında endüstriyel tesislerden kaynaklanan kirleticiler, arıtıldıktan sonra ve/veya arıtılmadan alıcı ortamlara deşarj edilmektedir. Havzada denize deşarj edilerek havza dışına taşınan  kirletici yük bulunmamaktadır. Diğer bir ifadeyle endüstriyel kaynaklı kirletici yüklerin hepsi havza içinde kalmaktadır.  B.Menderes Havzasında kalan endüstriyel atıksu miktarlarının  illere göre dağılımına baktığımızda c.3'ü Denizli, ".8'i Uşak, .5'i Aydın, %0.5'i Afyon kaynaklıdır. B.Menderes Havzasındaki kirlilik sebeplerine baktığımızda Organik Kirliliği oluşturan sebeplerin P'nin, İnorganik Kirliliği oluşturan sebeplerin 'nin endüstriyel kaynaklı kirleticiler olduğunu görmekteyiz. B.Menderes Havzasında en fazla kirlilik yapan illere baktığımızda bu illerin AAT sayılarının yetersiz,AAT olan illerin ise AAT'leri tam kapasite ile çalıştırmadığını görmekteyiz. B.Menderes Havzasında oluşan bu kirlilik yer üstü ve yer altı su kaynaklarımızı, topraklarımızı, besin kaynaklarımızı kirletmekte, havzada canlı yaşamını tehlikeye atmaktadır.Havza içerisinde endüstriyel nitelikli kirliliğin önlenmesi noktasında öncelikli olarak OSB’lerin ve havzadaki önemli kirletici kaynakları oluşturan büyük münferit sanayi tesislerinin AAT planlaması yapılmalı, yapım aşamasında olanlar acilen tamamlanarak hayata geçirilmelidir. Havzada yer alan tüm endüstri kuruluşların faaliyetleri çok sıkı şekilde denetlenmeli,ortama kirlilik bırakmalarına izin verilmemelidir. Havzadaki en önemli faaliyetlerden biri olan zeytin sektöründe oluşan zeytin kara suyunun uygun şekilde bertarafı için gerekli tedbirlerin alınması ayrıca önem arz etmektedir. Diğer önemli faaliyetlerden olan dericilik ve tekstil sektörleri için, ilgili sektörlerde oluşan atık sularda bulunan krom ve diğer ağır metal parametrelerinde gerekli düzenlemelerin yapılması gerekmektedir. B.Menderes Havzasında yer alan jeotermal santral ve kuyulardan saatte tonlarca akışkanın ortama  salınmasına izin verilmemeli, yer altından çıkarılan akışkanların hepsinin reenjeksiyon ile tekrar çıkardıkları derinliklere gönderilmesi sağlanmalıdır. B.Menderes Havzasında uzun vadede yapılması gereken en önemli önlem ise yüzeysel su kaynaklarının kalite sınıfının korunup geliştirilmesi ile ilgili çalışmalardır.